Mutacje somatyczne kalretikuliny w nowotworach mieloproliferacyjnych AD 5

Chociaż większość z tych pacjentów miała niezmutowany ekson CALR 9, w sumie 3 pacjentów z RARS-T miało mutacje w CALR (Figura 1B), wszystkie z niezmutowanymi JAK2 i MPL (Figura 1C). Mutacje w genie kodującym czynnik splicingowy 3B, podjednostka (SF3B1) współwystępowały z mutacjami we wszystkich trzech genach. Spośród 524 zdrowych uczestników badania miał 3-bp usuwaną w ramce w CALR. Mutacje CALR i nowy peptyd C-końcowy w Mutant CALR
Figura 2. Figura 2. Mutacje w CALR i wytwarzanie nowego peptydu C-terminalnego w białku kalretikuliny. Panel A pokazuje pozycje genomowe wszystkich 36 typów mutacji wykrytych w bieżącym badaniu. Czerwone paski wskazują na delecje, niebieskie litery wstawione sekwencje nukleotydowe i pomarańczowe litery somatycznie nabyte podstawienia. Czarne linie łączące delecje lub insercje z substytucjami wskazują na ich występowanie w tym samym allelu. Czerwone paski i czarne linie są rysowane w skali. Najczęstsze mutacje, typu i typu 2, są zaznaczone. 3 UTR oznacza 3 nieulegający translacji region. Panel B jest schematycznym przedstawieniem trzech alternatywnych sekwencji peptydowych pochodzących z trzech ramek odczytu przez ekson 9 CALR. Każdy słupek reprezentuje aminokwas: niebieskie słupki oznaczają ujemnie naładowane aminokwasy, czerwone słupki naładowane dodatnio aminokwasy i czarne słupki zatrzymują kodony. Panel C pokazuje specyficzny skład peptydowy nieumotywującego CALR i dwóch najczęściej wykrywanych rodzajów mutacji. Panel D pokazuje względne częstotliwości wszystkich 36 typów mutacji obserwowanych w CALR. Procenty nie sumują się do 100 ze względu na zaokrąglenia.
Wykryliśmy łącznie 36 typów mutacji somatycznych w CALR (insercje i delecje), które spowodowały przesunięcie ramki odczytu (rysunek 2A i tabela S5 w dodatkowym dodatku). Ponadto dwoje pacjentów, którzy byli dodatni pod względem mutacji JAK2 V617F, miało wbudowane mutacje w linii zarodkowej (typ G1 i G2) (Tabela S5 w dodatkowym dodatku). Wszystkie 36 typów wstawek lub delecji somatycznych spowodowało przejście ramki do alternatywnej ramki odczytu (Figura 2B). Mutacje typu (delecja 52-bp, c.1092_1143del) i mutacje typu 2 (insercja 5-bp, c.1154_1155inTTGTC) stanowiły odpowiednio 53,0% i 31,7% wszystkich przypadków ze zmutowanym CALR (ryc. 2C i 2D ). Inne rodzaje mutacji zaobserwowano przy znacznie niższych częstotliwościach, a wiele z nich wykryto tylko u jednego pacjenta (rysunek 2D i tabela S5 w dodatkowym dodatku).
Ponieważ wszystkie 36 typów mutacji powoduje przesunięcie ramki do alternatywnej ramki odczytu 1, powstałe zmutowane białka CALR mają nową sekwencję aminokwasów na C-końcu (tabela S6 w dodatkowym dodatku). C-końcowy peptyd pochodzący z alternatywnej ramki odczytu zawiera pewną liczbę dodatnio naładowanych aminokwasów, podczas gdy nieumyjętny C-końcowy CALR jest w dużej mierze ujemnie naładowany (Figura 2B).
Ponadto, nie zmutowana kalretikulina zawiera retopulum retikulum endoplazmatycznego na końcu C (sekwencja aminokwasowa lizyny, kwasu asparaginowego, kwasu glutaminowego i leucyny [KDEL])
[przypisy: Fordanserki, USG ciąży, leczenie endometriozy ]

Powiązane tematy z artykułem: Fordanserki leczenie endometriozy USG ciąży