Mutacje somatyczne kalretikuliny w nowotworach mieloproliferacyjnych AD 3

Produkty PCR oczyszczono i przeprowadzono reakcję sekwencjonowania za pomocą BigDye Terminator, wersja 3.1, Cycle Sequencing Kit (Life Technologies). Produkty sekwencjonowania analizowano przy użyciu 3130xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems). Aby zbadać mutacje insercji i delecji w eksonie CALR, zaprojektowaliśmy startery PCR obejmujące ekson 9 i znakowano starter przedni 6-karboksyfluoresceiną. Po PCR produkty były sortowane na analizatorze genetycznym 3130xl. Szczegóły dotyczące metod i analiz znajdują się w Dodatku Uzupełniającym. Wyniki
Sekwencjonowanie całego egzaminu w pierwotnym zwłóknieniu szpiku kostnego
Korzystając z sekwencjonowania całego egzonu, analizowaliśmy genomowy DNA z granulocytów (próbek guza) i komórek T CD3 + (próbki kontrolne) otrzymanych od sześciu pacjentów z pierwotną zwłóknieniem szpiku kostnego. Niezależna walidacja wykrytych wariantów przy użyciu klasycznego sekwencjonowania Sangera potwierdziła obecność 2 do 12 mutacji somatycznych na pacjenta (Tabela Jedynym mutacją, która ulegała nawrotom, był CALR, kodujący kalretikulinę.
Dwóch pacjentów miało somatyczne delecje w eksonie 9 CALR. Podklonowanie i sekwencjonowanie produktu PCR ujawniły, że Pacjent H_0191 miał delecję 52 pz, a Pacjent H_0296 miał delecję pz (ryc. S1 w dodatkowym dodatku). Ponieważ delecja 52-bp w Pacjentce H_0191 została nieprawidłowo opisana jako delecja 1-bp sprzężona z wariantem pojedynczego nukleotydu przez nasz rurociąg analizy wywołania wariantów (Tabela S3 w Dodatku Aneks), ręcznie oceniliśmy dopasowanie sekwencji dla tego pacjenta. Zaobserwowaliśmy niewspółosiowość odczytów sekwencji obejmujących miejsce mutacji, ze względu na powtarzający się element w dotkniętym obszarze genomowym (ryc. S2 w dodatku uzupełniającym).
W następstwie tego odkrycia zbadaliśmy wyrównania dla pozostałych czterech pacjentów i wykryliśmy nawracającą insercję o 5 pz we wszystkich czterech (ryc. S3 w dodatkowym dodatku). Mutacje w CALR, które wykryto za pomocą sekwencjonowania całego eksomów, potwierdzono i wykazano, że są somatyczne za pomocą sekwencjonowania Sanger próbek granulocytów i DNA T-limfocytów wszystkich sześciu pacjentów.
Mutacje CALR Exon 9 w nowotworach mieloproliferacyjnych
Aby oszacować częstość występowania mutacji CALR w nowotworach mieloproliferacyjnych, przebadaliśmy kohortę 896 pacjentów pod kątem mutacji insercyjnych lub delecyjnych w eksonie 9 CALR (ryc. S4 w dodatkowym dodatku), stosując sortowanie wysokiej rozdzielczości fluorescencyjnych barwionych produktów PCR ( Rys. W tej grupie było 382 pacjentów z czerwienicą prawdziwą, 311 z nadpłytkowością samoistną i 203 z pierwotną zwłóknieniem szpikowymi (Tabela
Zidentyfikowaliśmy 150 próbek (17% pacjentów) z insercjami lub delecjami w CALR, które zostały niezależnie zwalidowane za pomocą sekwencjonowania Sangera
[podobne: hurtownia tapicerska, polcortolon, wybielanie warg sromowych ]

Powiązane tematy z artykułem: hurtownia tapicerska polcortolon wybielanie warg sromowych